如果增值税普通发票被对方偷偷作废，而我们又已经入账了，那么，我们就需要按照相关的税收规定，正确的处理这个问题。 首先，我们应该及时发现对方偷偷作废增值税普通发票，并尽快开具替换发票。另外，在开票过程中，根据《增值税普通发票管理办法》；《增值税普通发票及电子发票申报、验收、使用指引》等有关规定，完善发票使用流程，做到内部管控，避免出现票损问题。 此外，在发票填开、使用等过程中，最好能够将发票信息与系统进行全面对接，如实反映发票使用情况，以便核实发票是否真实有效，有效的提高发票的使用效率。 拓展知识： 另外，在使用增值税发票过程中，要注意遵守增值税发票的使用规定，及时清理发票的使用信息，准确的办理发票的开具、使用登记和核销等步骤，正确的填写发票内容，加强发票的保管和管理，以免造成违反税收管理规定的后果。