老师您好，关于您所提的个体工商户增值税税收优惠免税，开具普通发票清单时税率选择免税还是3%的问题，主要要看被开票项目是否可以享受税收优惠政策。如果项目可以享受税收优惠政策，则在开具发票清单时，选择税率时，选择免税即可，如果享受优惠的项目收入不到6万，则可以直接申请免征增值税。而若未享受税收优惠政策，则应当开具普通发票清单，税率选择3%。 另外，根据中华人民共和国国家税务总局的有关规定，个体工商户征税时，应当根据当月实际经营情况，申报应纳税额，未大于6万元时，不享受税收优惠，但可以申请免征增值税。 总之，个体工商户增值税税收优惠免税，开具普通发票清单时税率选择免税还是3%,需要根据被开票项目是否可以享受税收优惠政策、是否收入小于6万以及有关规定来选择。