小规模纳税人增值税率是3%，这是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条规定的。具体来说，小规模纳税人定义为具备下列条件的纳税人：本期累计销售额不超过50万元，且在财政部颁布的有关税收优惠政策执行期间，主要经营项目的总收入不超过50万元的。根据税收优惠政策，小规模纳税人的增值税率为3%。 值得一提的是，小规模纳税人虽然增值税率为3%，但是应纳税额仍有可能超过3%。例如：若小规模纳税人本期营业额为20万元，且从增值税税率为17%的商品及劳务中取得的销售收入达到40万元，则应纳税额超过3%。所以，小规模纳税人在代理记账时也需要注意此问题，以免出现违规行为。