电子专票和纸质发票在抵扣勾选的操作流程有一定的区别。在使用电子专票抵扣时，首先要合法申请登记，然后经过平台验证后可以获得抵扣认证，最后在抵扣勾选处可以进行使用。在使用纸质发票时，抵扣勾选时只需要填写相关发票信息即可进行抵扣。从操作流程上来看，电子专票抵扣要比纸质发票复杂一些，但是它可以有效避免发票遗失，还可以节约存储空间，并且在实现社会信息化和电子经济中发挥着重要作用。 拓展知识：电子专票的优势不仅仅只是方便使用，它还拥有多项优势，如更高的发票安全，延长发票有效期，可以实现即时开票、即时传输，以及更快的发票遗失更换等等。