是的，公司新建厂房（用于自己生产）的材料进项税可以抵扣。根据《2017年国家税务总局税务类减免政策的通知》，企业新增投资建设固定资产，可以减免购置固定资产所支付的增值税，也可以减免进口货物的进口关税。此外，在新增投资建设设备投运以前，企业还可以减免设备自行制造、购买或租赁的相应增值税及其进口关税。 同时，进项税也可以转出。企业新增投资建设固定资产，可以转出购买固定资产所支付的增值税，也可以转出进口货物的进口关税。此外，在新增投资建设设备投运以前，企业还可以转出设备自行制造、购买或租赁所支付的相应增值税及其进口关税。 一般情况下，进项税抵扣优先于税收转出。若企业当期增值税已缴纳，且无其他可抵扣外，增值税可转出，当期抵扣无法完成时，可以考虑税收转出。 总之，公司新建厂房（用于自己生产）的材料进项税可以抵扣也可以转出，具体情况需根据实际情况来决定。