处理多扣员工个税的原则是：首先，需要调整多扣的个税，并尽快将多扣的个税补缴到税务部门，并将录入到电脑系统中，以便后期审核时进行参考；其次，要及时协调当期扣缴的个税缴清情况，尽快将多扣的个税补缴到税务部门，在补缴归还阶段，应该考虑是否需要提供补充材料等。最后，由于多缴款会带来一定的滞纳金，因此，在补缴款项时，可以向税务部门申请减免滞纳金，以减少经济损失。 拓展知识：个税是指个人所得税，通常是指根据国家有关规定，在个人所得税方面，由国家征收一定金额的税款。根据个税政策，个人可以有效减免负担，以节约支出，提升收入。