公司收到增值税留底退税的会计分录应该按照如下步骤进行： 1.确定增值税留底退税的金额； 2.在增值税留底退税类别下增加一笔借方账户，科目为应收税款； 3.在增值税留底退税类别下增加一笔贷方账户，科目为应付账款； 4.结转留底退税类别下的借贷方账户，科目为其他应收款和其他应付款； 5.将公司收到的增值税留底退税的金额录入到应收税款的借方账户。 拓展知识： 增值税留底退税是指，当纳税人申报增值税的税额超过实际应纳税额的，纳税人可以将额外的缴纳的部分退还给本单位，此部分称为增值税留底退税。