根据《城镇居民社会保险条例》第十九条规定，界定社会保险正常缴费、暂停缴费、拖欠缴费、中断缴费，自然人扣缴客户端系统的相关操作，如果员工6月份离职，拖欠缴费，即一个在交社保，一个没有交社保，那么需要将自然人扣缴客户端系统中相关信息进行标识，转入非正常，而不需要直接删除。拓展知识：从2019年7月起，在社会保障管理部门向社会保险经办机构出具的《社会保险缴费证明》，社会保险缴费政策出台“社缴明细与雇主应缴明细”同步核对制度。