处理进项发票勾选认证重复或者进项税额大于销项税额的问题，首先要检查发票是否有错误，比如发票状态是否正确，发票金额是否正确，发票税额是否正确，发票是否有重复；如果发票有错误，应及时更改或者重新开具发票；如果没有错误，而是税务系统的问题，可以进行留抵处理，将本期不可抵扣的税额留抵到下一期使用；另外，关于报税，要按照税务系统要求，正确填写发票信息，避免出现进项发票勾选认证重复和进项税额大于销项税额的问题。拓展知识：在纳税人申报时，可能会遇到发票不全、重复发票、收据等问题，纳税人可以根据《税务局发票管理办法》和《税收征收管理法》的规定，采取正确的发票补开和调整税务局的处理措施，可以达到税务报税的目的。