小规模纳税人专用发票10万元，普通发票开40万免税，那么计算增值税和城建税附加税如下： 1、计算增值税：首先对小规模纳税人，增值税从实际应缴纳金额中扣除40000元免税额后，实际应缴纳金额为10万元，根据税务机关规定，小规模纳税人缴纳增值税税率为3%，实际应缴纳3000元。 2、计算城建税附加税：城建税附加税根据发票的应税金额来计算，对于小规模纳税人，城建税附加税税率为3%，总共需要缴纳3000元。 综上所述，小规模纳税人专用发票开了10万元不含税，普票开了4万免税，缴纳3000元增值税，城建税附加税需要缴纳3000元。 拓展知识：专用发票、普通发票开票金额总额不得超过50万元，小规模纳税人可享受不超过4万元的免税额。关于增值税，小规模纳税人按3%税率计算；城建税附加税按3%税率计算。