首先，根据《中华人民共和国财政管理条例》和《财政部2006年第5号文件》的规定，事业单位应当将银行存款（历年的经费）上缴到财政。对于事业单位从银行进行存款上缴财政，财务部门应当按照以下步骤进行做账： （1）申请上缴缴款凭证。首先，事业单位应当向银行索取上缴缴款凭证，并填写所需的相关信息，将凭证上缴于财政。 （2）把银行存款历年的经费，在财务账簿中记录入账。对于银行存款上缴到财政的经费，应当在财务账簿上登记，即把相关的财政收支结算数据记录到财务账簿中，包括上缴经费的金额、核定经费的来源等信息，用以供后期统计使用。 （3）财务部门将上缴缴款凭证，交于财政部门入账处理。完成上述账务处理后，财务部门应当把申请上缴缴款凭证拿到财政部门入账处理，由财政部门按规定的程序审核入账。 拓展知识：财政经费的上缴是指由下级向上级或事业单位向财政部门，将已收取或准备收取的经费上缴到财政部门。上缴经费是财政收入依法收缴、拨付的重要途径，因此正确地做好经费上缴账务处理，对于正确掌握财政收支状况，促进财政管理科学化具有重要作用。