非营利组织的会计科目核算方法包括以下几种：
1. 事业收入核算方法：按照收入来源分别核算，包括政府拨款、社会捐赠、业务收入等。
2. 成本核算方法：按照支出项目分别核算，包括人工费用、物资采购、房屋租赁、车辆维护等。
3. 捐赠收入核算方法：按照捐赠性质分别核算，包括现金捐赠、实物捐赠、服务捐赠等。
4. 项目收入核算方法：按照项目分别核算，包括公益事业项目、社会福利项目、文化教育项目等。
5. 资产负债表核算方法：按照资产负债表科目分别核算，包括现金、银行存款、应收款项、固定资产、长期借款等。

以上是非营利组织会计科目的常见核算方法，具体应根据组织的实际情况和需要进行选择。