小规模纳税人应交增值税的三级科目包括销售额、增值税税额和应交税金（或应交增值税）。其计算方法如下：
1. 销售额的计算方法为：销售额 = 销售收入 ÷（1 + 税率），其中税率为增值税税率。
2. 增值税税额的计算方法为：增值税税额 = 销售额 × 税率。
3. 应交税金（或应交增值税）的计算方法为：应交税金 = 销售收入 × 税率。

需要注意的是，小规模纳税人可以采用简易计税方法，即按照销售额的百分之三计算应交增值税，不需要分别计算销售额和增值税税额。