固定资产清理借方有余额表示在固定资产清理的过程中，借方发生的金额大于贷方发生的金额，即固定资产清理的成本高于清理后的资产净值。这通常是因为清理过程中发生了额外的费用或损失，比如处置固定资产的手续费、拆除固定资产的费用等。这个余额应该在资产负债表中列示为“固定资产清理”或“固定资产处置损失”等科目，以反映清理过程中的实际成本和损失。