开票系统减免税对企业的财务报表有以下影响：
1. 营业收入：开票系统减免税后，企业实际收到的销售收入会减少，因此营业收入也会相应减少。
2. 应交税费：开票系统减免税会减少企业应交的增值税和其他税费，因此应交税费会相应减少。
3. 营业成本：开票系统减免税后，企业在销售商品或提供服务时所支付的税费也会减少，因此营业成本也会相应减少。
4. 净利润：开票系统减免税对营业收入、应交税费和营业成本的影响会直接影响企业的净利润，减免税后的净利润会相应增加。

综上所述，开票系统减免税会对企业的财务报表产生一定的影响，需要在财务报表中进行相应的调整和说明。