工资计算软件自动计算个人所得税的方法如下：
1. 根据国家税务部门公布的个人所得税税率表，确定适用税率和速算扣除数。
2. 根据税前工资总额、社保公积金等扣除项目和个人所得税起征点等因素计算出应纳税所得额。
3. 根据应纳税所得额和适用税率和速算扣除数计算出个人所得税额。
4. 将个人所得税额减去已缴纳的累计税额，得到本月应缴纳的个人所得税额。
5. 将本月应缴纳的个人所得税额加入到其他应扣除项目中，计算出税后工资。

工资计算软件可以根据以上方法自动计算个人所得税，提高计算效率和准确性。