小规模纳税人应交的增值税应按照以下步骤核算：
1. 计算销售额：小规模纳税人的销售额包括应税销售额和免税销售额。应税销售额是指销售应税货物和提供应税劳务的收入，免税销售额是指销售免税货物和提供免税劳务的收入。
2. 计算应纳税额：小规模纳税人应纳税额为销售额的3%。需要注意的是，对于部分行业，应纳税额可能会有不同的税率。
3. 抵扣进项税额：小规模纳税人可以抵扣购进的应税货物和应税劳务的进项税额。抵扣的进项税额不能超过销售额的3%。
4. 缴纳增值税：小规模纳税人应当在每个纳税期限内，将应纳税额减去抵扣的进项税额后的余额，作为增值税应缴纳的金额。

需要注意的是，小规模纳税人的纳税期限为每月一次，应当在当月的15日前缴纳上一个月的增值税。同时，小规模纳税人在办理增值税纳税申报时，应当填写《增值税小规模纳税人申报表》。