制造费用是指直接与产品制造有关的费用，包括直接材料、直接人工和制造费用三项。制造费用二级科目是制造费用一级科目的子科目，用于更加细化地分类和记录制造费用。例如，制造费用一级科目为“制造费用”，制造费用二级科目则可以包括“制造人工费用”、“制造耗材费用”、“制造能源费用”等。

间接费用则是指不直接与产品制造有关的费用，例如管理费用、销售费用等。与制造费用不同，间接费用不能直接分摊到产品成本中，而是需要通过间接费用分配等方式进行分摊。

因此，制造费用二级科目和间接费用的区别在于前者是制造费用的一部分，直接与产品制造有关，而后者则是其他费用，不直接与产品制造有关。