第二部分、总分公司的税务处理
一、基本概念
住所是企业的主要办事机构所在地，是发出指令的业务中枢机构所在地，企业住所登记的功能主要是公示企业法定的送达地和确定企业司法和行政管辖地，是执照登记的法定事项。经营场所是市场主体从事经营活动的场所，是执照登记的备案事项，两者无论从登记内容还是登记功能上都有所不同。
允许“一照多址”也就是说，企业住所和经营场所可以在同一地址，也可以在不同地址，在同一县级工商登记机关管辖区域内的，企业新增经营场所，不一定要设立登记分支机构，可选择在营业执照内登记经营场所信息，也可申请设立分支机构。
也就是说商事登记制度改革后，不仅允许一址多照也可以一照多址，放宽了企业创业限制。
跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理（国家税务总局公告2012年第57号印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》）
（一）基本原则：
统一核算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库。
（二）适用范围：
跨省市（自治区、直辖市和计划单列市）总分机构企业缴纳的企业所得税，分支机构指具有主体生产经营职能的二级分支机构。
三级及三级以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额等统一并入二级分支机构计算。
（三）就地预缴：
汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。
总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
（四）分支机构分摊税额计算：
总机构应按上年度分支机构的营业收入、职工薪酬、资产总额3因素和对应权重计算各分支机构应分摊所得税款的比例。（营业收入0.35、职工薪酬0.35、资产总额0.3）
计算公式如下：
1.所有分支机构分摊税款总额＝汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％；
2.某分支机构分摊税款＝所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例；
某分支机构分摊比例＝（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）×0.35
＋（该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和）×0.35
＋（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30
【案例分析】20**年第一季度总机构应纳税所得额800万，总公司和重庆分公司适用15%的所得税税率，上海和北京分公司适用25%的税率，分公司的权重如下： （单位：万元）
| 分公司名称 |
营业收入 |
职工薪酬 |
资产总额 |
| 上海分公司 |
400 |
80 |
1000 |
| 北京分公司 |
500 |
80 |
1500 |
| 重庆分公司 |
100 |
40 |
500 |
| 合计 |
1000 |
200 |
3000 |
步骤1：根据分支机构三因素权重计算税款分配比例。
①上海分公司比例：（400÷1,000×0.35）＋（80÷200×0.35）＋（1,000÷3，000×0.3）＝0.38
②北京分公司比例：（500÷1,000×0.35）＋（80÷200×0.35）＋（1，500÷3，000×0.3）＝0.465
③重庆分公司比例：（100÷1,000×0.35）＋（40÷200×0.35）＋（500÷3，000×0.3）＝0.155
步骤2：计算总机构应分摊的所得额＝800×50%＝400万元。
步骤3：计算分支机构应分摊的所得额
①上海分公司：800×50%×0.38＝152万元；
②北京分公司：800×50%×0.465＝186万元；
③重庆分公司：800×50%×0.155＝62万元；
步骤4：计算总机构应纳所得税额＝400×15%＝60万元。
步骤5：计算分支机构应纳所得税额
①上海分公司：152×25%＝38万元；
②北京分公司：186×25%＝46.5万元；
③重庆分公司：62×15%＝9.3万元；
步骤6：将总机构和分支机构分别计算的应纳所得税额汇总。
60＋38＋46.5＋9.3＝153.8万元。
步骤7：将汇总后的应纳所得税额按照分配比例分摊。
总机构应分摊税款＝153.8×50%＝76.9万元；
其中的38.45万元为财政集中分配所得税，另外的38.45万元为总机构应分摊所得税。
各分支机构应分摊税款＝153.8×50%＝76.9万元。
①上海分公司：76.9×0.38＝29.222万元；
②北京分公司：76.9×0.465＝35.7585万元；
③重庆分公司：76.9×0.155＝11.9195万元。
①将应纳税所得额在总机构与分支机构之间各分摊50%；
②计算出分支机构的分配比例；
③根据分配比例分配50%部分的应纳税所得额；
④分支机构用各自分配的应纳税所得额适用该地区的所得税税率计算应纳税额；
⑤将总分支机构计算的应纳税额合计，总机构交50%，剩余的50%在各分支机构中按分配比例分配缴纳税款。
分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。
分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。
上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
二、总分公司企业所得税汇总缴纳
独立核算和非独立核算是不是会计核算不同而已，在税务申报上没有区别？
分支机构采用“独立核算”或者“非独立核算”，是企业内部管理的要求，不是税务机关的要求。正确的理解是，分支机构无论是否独立核算，在税收管理层面上完全一致，没有任何区别。
建议：若是分公司单独会计核算、对外独立开展业务、单独向客户开具发票、而且也配置了财务人员等，应选择“独立核算”。
若是分公司仅仅是一个办事处性质、不单独做账开票、单据全部拿到总公司来会计核算，则选择“非独立核算”。
思考：什么情况下，分公司需要视同独立纳税人申报缴纳企业所得税？
1.以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。
由于二级分支机构作为独立纳税人，因此总机构和其余分支机构即作为另一纳税人，则表面上的一家法人公司在企业所得税上就人为分割为两个企业所得税的纳税人。
2.一般作为二级分支机构的纳税人由于账册核算不健全等原因可能在企业所得税上被当地主管税务机关采取核定征收方式，因此如果核定征收应税所得率低于实际利润率，此种作为独立纳税人的方式反而对企业有利，反之，则不利。
根据（国家税务总局2012年第57号）第九条 汇总纳税企业预缴申报时，总机构除报送企业所得税预缴申报表和企业当期财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和各分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）；分支机构除报送企业所得税预缴申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表。
汇总纳税企业未按照规定准确计算分摊税款，造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多缴另一方（或几方）少缴税款的，其总机构或分支机构分摊缴纳的企业所得税低于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额分摊到总机构或分支机构补缴；
其总机构或分支机构就地缴纳的企业所得税高于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额从总机构或分支机构的分摊税款中扣减。
三、总分机构的个人所得税问题
思考：分公司的工资和社保统一由总公司进行发放和缴纳，应如何进行税务处理？
分公司和总公司同属于一个法人主体，所以与分公司签订劳动合同，由分公司缴纳本地社保，工资由总公司发是可以的。而且只要用人单位按时发放工资和缴纳社保，是不违反法律的。
理论上工资，个税和社保要统一。
1.扣缴义务人的确定。根据《个人所得税法》第八条“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的个人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定 对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。
2.纳税地点的确定。根据《税收征收管理法实施细则》第十三条“扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，向所在地的主管税务机关申报办理扣缴税款登记，领取扣缴税款登记证件”。据此，扣缴义务人应当在其所在地缴纳代扣之税款。
3.建议：应在扣缴义务人所在地的主管税务机关缴纳。而扣缴义务人的确定，还需要税务机关的认定。
思考：总公司派遣人员到分公司，派遣员工的工资由分公司支付，社保由分公司汇总后，汇给总公司在总公司所在地缴纳，个人所得税应如何缴纳？
《个人所得税自行纳税申报办法》
从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的应当按照本办法的规定办理纳税申报：从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。也即总公司与分公司先行履行扣缴义务，该纳税人再履行自行申报义务，多退少补。
四、总分机构增值税处理
思考：总公司统一为分公司采购，取得的进项税是否可以抵扣？
固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。
总公司由于统一采购，收到经销商开给总公司的发票，肯定是由总公司入账。而总公司把货物移送给各个分公司，总公司就应该按照正常的销售业务给分公司开发票，这样总公司的销售增多了，留抵就少了，而分公司有了进项，增值税也就会大幅减少。
总公司给分公司开具“管理费”发票，最容易存在的问题就是:虚开发票或交易不满足独立交易原则、价格不公允等。为了转移税负，关联公司之间最常见的，就是通过虚开发票或不公允价格交易等转移利益，包括转移进项税额。比如，总公司购进了一栋办公楼导致进项税额较多，然后就通过虚开发票将进项税额转移至分公司抵扣。
很显然，如果总公司开给分公司的“管理费”发票，涉嫌虚开等，分公司即使取得专票也不得抵扣进项税额的。
五、总分机构企业所得税处理
思考：总分公司之间的调拨货物企业所得税怎么处理？
企业将资产移送他人的情形，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入。但境内总分机构资产移送并不存在移送他人的前置条件，因此企业所得税既不需要销售也不需要作为视同销售。
会计处理：
借：库存商品－分支机构
贷：库存商品－总机构
借：内部往来
贷：应交税费－应交增值税（销项税额）
第三部分 其他需要注意的事项
1.开设前应先与当地税务机关做好沟通，了解当地的具体执行情况，避免因税源问题引起纠纷，得不偿失。
2.无论是预缴还是汇算清缴，无论是总公司还是分公司，请提供企业所得税预缴申报表、企业当期财务报表、分支机构所得税分配表、各分支机构上一年度的年度财务报表；
3.务必在每月或季度终了后15日内就地完成申报预缴，年度终了之日起5个月内完成汇算清缴。
4.积极配合税务机关工作，提供并保管好2中所需的资料，避免被视为独立纳税人，独立纳税人身份一个年度内不得变更，该种情况下，亏损就不能汇总缴纳了。
5.总机构应将其所有二级及以下分支机构（包括本办法（国家税务总局公告2012年第57号）第五条规定的分支机构）信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
6.分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称，层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
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