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这种情况，根据《会计基础工作规范》的规定应当使用原始凭证分割单。

原始凭证分割单是指一张原始凭证所列的费用应由两个以上单位共同负担的情况下，保存原始凭证的主办单位开给其他应负担部分费用支出的单位的证明。这种分割单必须具备原始凭证的基本内容，包括：凭证名称，填制凭证日期，填制凭证单位名称或者填制人姓名，经办人员的签名或者盖章，接受凭证单位名称，经济业务内容，数量，单价，金额和费用分摊情况等。

既然发票抬头是“B公司”，那就应该是B公司按其负担的金额入账，然后把A公司负担的金额给A公司开具原始凭证分割单。

但是以我个人的经验，这样的业务还是要尽量避免发生，因为将来税务机关检查的时候对于分割单的真实性、合理性可能无法证明。