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1、如果是补充保险商业保险 扣除金额当然是有比例限制的：
《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）。该通知规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5％标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。
2、如果是商业保险：企业为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的工资、薪金所得项目，按税法规定缴纳个人所得税。个人所得税的具体纳税时间应当按照．《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函[2005]318号） 规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应当在企业向保险公司缴付时并人员工当期的工资收入，按工资、薪金所得项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。