我公司是一家小规模纳税人建筑劳务公司，取得的合同是清包工，符合2016 36号文件差额征税，（取得的全部价款和价外费用-支付的分包款）/1.03*0.03，对甲方开出3%的增值税全额专用发票，取得分包1%增值税全额普通发票，在季度申报时，填写了附表3的的扣除。后续被税务局监控到了，说是小规模纳税人未足额缴纳增值税款，就是因为附表3扣除分包的金额。请问，我公司现在如何处理这一问题？