我个人理解，就是说单位账面工资表和人事工资表目前是一致的，而且实际发放工资也是与人事是一致的，这样与账务处理无关，仅仅是个税系统的申报存在问题。

现在6月30日之前，还在个税汇算清缴期，是不是可以去税务大厅申请修改去年对应月份的申报表，或者计算一下全年职工工资实发与已申报数的差额，只修正今年1月初（申报去年12月实发工资）的申报表，计算代扣代缴个税多退少补。另外还要看职工个人，在这之前已经完成个税汇算清缴的，现在系统数据变更，如何退补税，需要跟税务局沟通一下相关政策和系统流程。