我公司接到税务局通知有若干纳税疑点，其中自行查补2019年度废料收入含税额：1000元，这个1000元没有实际的收入，只是为了配合税务局消除疑点，因而补缴增值税：1000/1.13*13%=115.04元、补缴滞纳金12.83元以及相应的企业所得税。请问如何确认这个废料收入？需要老板自掏腰包向公司支付1000元现金吗？如何进行账务处理？