我司（小规模）与某某特殊公司（一般纳税人）签订协议，将我司某个业务的收入将扣除增值税及附加税等相关税后的收入，按97%支付于某某公司。

取得收入：

借：银行存款

贷：主营业务收入

      应交税费--应交增值税

月末计算款项时；

借：主营业务成本

   贷：其他应付款--暂收款

支付时：

借：其他应付款--暂收款.

  贷：银行存款

不知道这样做分录合不合理？还有，我司交企业所得税是以核定征收法的。收入应不应该这么做？但是，如果这么做收入，那在结算要支付款项时要不要把不是我司收入的部分企业所得税扣除后在给某某公司？不扣除的话，不就双重交企业所得税了吗？

     我应该要怎么做？