各位老师、同仁:

大家好，我是咱们网校的一名学员，在工作中遇到一个问题，请各位老师指导、赐教。

    A公司为建筑企业，2016年3月份与甲方签订一份建安合同（跨省经营），合同金额4600万元，合同工期为2016年3月1日-2016年6月30日，实际施工期2016年3月-2017年11月份。

     在2016年5月28日接至甲方通知，改市市政府红头文件，在5月31日营改增前必须将合同金额4600万元所有税款缴至地税，A公司经协商同意让甲方代缴后在工程款中扣除，开具发票4600万元，并缴纳营业税及其附加税162余万元。

请教问题：该项目在2016年怎么确认收入？