核定扣除增值税进项税额，试点纳税人购进农产品取得的农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书，按照注明的金额及增值税额一并计入成本科目；自行开具的农产品收购发票和取得的农产品销售发票，按照注明的买价直接计入成本。
也就是说，核定扣除办法下，和计算抵扣有所不同，虽然购进免税农产品也允许抵扣进项税额，但却没有在购进时抵扣，而是将允许抵扣的进项税额和价款都计入了成本，可以近似得看做了成本中包含了增值税，而核定扣除方法下要用到农产品的买价（投入产出法）、销售成本（成本法）所谓的成本、购买单价等都是含增值税的，所以需要除以（1+扣除率），作价税分离处理。