甲乙双方在合同中，针对收益分配问题约定了仲裁条款，但该合同违反了法律的相关规定。后双方在合作中因收益分配问题发生纠纷，则下列表述中，正确的是（　）。

A、 可以申请仲裁，但双方必须重新签订仲裁协议

B、 可以申请仲裁，因为仲裁条款的效力具有独立性

C、 不能申请仲裁，因为该合同违反法律规定，是无效的

D、 不能申请仲裁，因为法院享有对该纠纷的管辖权

正确答案：B

解析：（1）仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。因此选项B正确，选项AC错误。（2）有效的仲裁协议可排除法院的管辖权，只有在没有仲裁协议或者仲裁协议无效，或者当事人放弃仲裁协议的情况下，法院才可以行使管辖权。因此选项D是错误的。