审计目标不同

内部审计：主要是对内部控制的有效性、财务信息的真实性和完整性以及经营活动的效率和效果所开展的一种评价活动；
注册会计师审计：主要对被审计单位财务报表的真实性（或合法性）和公允性进行审计。

审计独立性不同

内部审计：为组织内部服务，接受总经理或董事会的领导，独立性较弱。注册会计师审计：为需要可靠信息的第三方提供服务，不受被审计单位管理层的领导和制约，独立性较强。

审计职责和作用不同

内部审计：结果只对本部门、本单位负责，只作为本部门、本单位加强和改进经营管理的参考，不对外公开；
注册会计师审计：需要对投资者和债权人及其他利益相关者负责，对外出具的审计报告具有鉴证作用。

接受审计的自愿程度不同

内部审计：代表总经理或董事会实施的组织内部监督，是内部控制制度的重要组成部分，单位内部的组织必须接受内部审计人员的监督。
注册会计师审计：以独立的第三方对被审计单位进行的审计，委托人可自由选择会计师事务所。

遵循的审计标准不同

内部审计：内部审计准则；
注册会计师：注册会计师审计准则。

审计的时间不同

内部审计：定期或不定期审计，时间安排比较灵活；
注册会计师审计：定期审计，每年对被审计单位的财务报表审计一次。