【解析】耕地占用税是对占用耕地建设建筑物、构筑物或从事非农业建设的单位和个人，就其实际占用的耕地面积征收的一种税；本题只就占用的100平方米耕地建造住宅征收耕地占用税，另外，农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建住宅的，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。
该农户应缴纳的耕地占用税=100×25×50%=1250（元）。

【正确答案】A