对于企业计提并上缴的社会保险部分，应区分基本社会保险和补充保险两种情况分别来进行处理：

（一）对于基本社会保险，《企业所得税法实施条例》第三十五条第一款规定，“企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本保险费和住房公积金，准予扣除。”

（二）对于补充养老保险和补充医疗保险，《企业所得税法实施条例》第三十五条第二款规定：“企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。”《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》规定“自2008年1月1日起，企业根据国家有关规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”