注册会计师应当与治理层沟通审计中发现的重大问题包括：（1）注册会计师对被审计单位会计实务重大方面的质量的看法（选项C）；（2）审计工作中遇到的重大困难（选项A）；（3）已与管理层讨论或需要书面沟通的重大事项，以及注册会计师要求提供的书面声明，除非治理层全部成员参与管理被审计单位（选项B）；（4）影响审计报告形式和内容的情形（如有）（选项D）；（5）审计中出现的、根据职业判断认为与监督财务报告过程相关的所有其他重大事项。