对于通过跟函方式收到的回函，注册会计师可以实施以下审计程序：
（1）了解被询证者处理函证的通常流程和处理人员（选项D）；
（2）确认处理询证函人员的身份和处理询证函的权限（选项C）；
（3）观察处理询证函的人员是否按照正常流程认真处理询证函（选项A）。
选项B错误：注册会计师跟函时可以有被审计单位员工陪同，但注册会计师需要在整个过程中保持对询证函的控制。