3.（1）劳务报酬所得预扣税款和年度汇算清缴时，在应纳税所得额计算上的区别如下：

劳务报酬所得预扣税款时，以每次收入额为预扣预缴应纳税所得额，收入额为每次收入减除费用后的余额。每次收入不超过4000元的，减除费用按800元计算；每次收入4000元以上的，减除费用按20%计算。

劳务报酬所得年度汇算清缴时，收入额为收入减除20%费用后的余额。劳务报酬所得和工资、薪金所得，稿酬所得，特许权使用费所得合并计税，以合计收入额减除费用6万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额。

（2）劳务报酬所得预扣税款和年度汇算清缴时，可扣除项目的区别如下：

劳务报酬所得预扣税款时，每次收入不超过4000元的，扣除项目按800元计算；每次收入4000元以上的，扣除项目按20%计算。

劳务报酬所得年度汇算清缴时，以扣除20%费用后的金额计入收入额，可扣除项目包括6万元、专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除。

（3）劳务报酬所得预扣税款和年度汇算清缴时，适用税率（或预扣率）的区别如下：

劳务报酬所得预扣税款时，适用三级超额累进预扣率。

劳务报酬所得年度汇算清缴时，适用七级超额累进税率。

2.新税制将居民个人工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得纳入综合所得，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款。年度终了后纳税人进行汇算清缴，税款多退少补。

故这笔劳务报酬所得在汇算清缴时，应与工资、薪金所得，稿酬所得，特许权使用费所得合并为综合所得计税。

1.劳务报酬所得在预扣预缴时，以每次收入减除费用后的余额为收入额，每次收入不超过4000元的，减除费用按800元计算；每次收入4000元以上的，减除费用按20%计算。

劳务报酬所得以每次收入额为预扣预缴应纳税所得额，故该设计师劳务报酬所得预扣预缴应纳税所得额=60000×（1-20%）=48000（元）。

支付单位应预扣的个人所得税=48000×30%-2000=12400（元）。