上年度退回的企业所得税凭证的做法是：首先，完成退回的企业所得税的登记，开具企业所得税费用发票，并将发票收费情况与企业所得税管理部门的退税记录完全吻合。其次，在企业财务核算的月末结账时，由公司财务经理准备企业所得税的累计退税凭证，按照固定格式准备凭证，按相应企业所得税管理部门退税记录进行归类汇总。最后，通过凭证审核和审计，确认无误后，由公司负责人签字确认。 拓展知识：企业应当及时向税务机关报送有关退税的资料，如退税凭证等，供税务机关核对，核实与企业有关退税事宜，以确保企业获得正确、准确的纳税结果。此外，向税务机关报送有关退税资料，还有利于降低企业适用税收优惠政策的风险。