对于进料加工企业停止经营多年以及由一般纳税人转变为小规模纳税人，且剩下的少量原材料已经消耗完毕，可以采取以下处理方法。首先，应当结算老帐，以确保企业的财务责任建立在合法、客观、公正的基础上。其次，应当向监管机构申报小规模纳税人，确保企业的税务责任的合法合规遵守；最后，应当根据当前市场状况，合理调整企业的生产经营战略，尽最大努力努力恢复企业的正常运作。 此外，可以考虑获取政府的财政补贴，向市场注入稳定的资金，以稳定市场信心并改善企业的财务状况，并考虑注册企业研究院，开展科技研究,对企业进行技术升级，以推动企业的长期发展。