陈某2019年支付单住预扣预缴个人所得税计算方法为：根据《个人所得税法》第六条规定，对计算个人所得税应纳税所得额，要将各项综合所得的收入金额汇总计算，即总所得金额=工资薪金+劳务报酬+特许权使用费+稿酬，通过汇总求和计算，陈某的总所得金额为9800+3500+25000+40000=81800；根据个人所得税法第三条规定，对于计算个人所得税收入应扣除部分，首先要减去免税金额3500元，即减：81800-3500=78300；按照2019年个人所得税税率表，应纳税额为：78300*25%=19579.5元；最后，减去预扣预缴累计金额3240=16319.5元，陈某的2019年支付单位预扣预缴个人所得税为16319.5元，此金额应在年底完成汇算清缴工作。 对于个人所得税的拓展知识：根据《个人所得税法》加设专项扣除，丰富减免政策，个人可根据自己实际情况选择，例如子女教育扣除、继续教育技能培训费扣除、住房贷款利息及租金支出扣除等专项扣除，以降低自身税收负担。