小规模纳税人的增值税第二季度收入，应当将营业外收入也计入收入总额，而不应仅针对营业收入进行征税。因此，应当修改第二季度的主营业务收入。可以使用"增值税专用发票"和“普通发票”一起纳税，将发票上的税金分别计入已经缴纳的增值税总额和营业外收入的税金总额中。增值税专用发票和普通发票的税金计入不同的科目中，分别为："税金及附加"与“增值税内置附加”，"增值税计入营业外收入"科目。在记录分录时，应当先将增值税专用发票的税金分别记入"税金及附加"和“增值税内置附加“，再将普通发票的税金分别记入”增值税计入营业外收入"。拓展知识：根据《中华人民共和国企业所得税法》第四十一条的规定，营业外收入包括：财产赠与收入、财产继承收入、财产出资收入、捐赠收入、财产收益收入、债权债务调整收入以及其他营业外收入等八种收入。