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根据《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
　　企业为部分员工支付补充养老保险费和补充医疗保险费的，应将全体职工合理的年均工资乘以参保人数之积，作为计算补充养老保险费和补充医疗保险费税前扣除的基数，并按照税收规定的标准税前扣除。
　　根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）规定，补充养老保险和补充医疗保险不属于职工福利费的列支范围。因此，企业依照财务会计制度有关规定，在应付福利费科目中列支补充养老保险费和补充养老保险费的，一方面，企业可以在税收规定的标准内调减当期实际发生的职工福利费支出，按照税收规定税前扣除；另一方面，企业可将实际发生的符合税收规定标准的补充养老保险、补充医疗保险直接计入当期损益，未通过应付福利费核算的，应按税收规定的标准予以税前扣除，超过部分纳税调增应纳税所得额。